CancerMutationAnalysis

DOI:10.18129 / B9.bioc.CancerMutationAnalysis

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CancerMutationAnalysis．

癌症突变分析

Bioconductor版本:3.12

该软件包实现了用于癌症体细胞突变研究的基因和基因集水平分析方法。基因水平的方法区分了驱动基因(在肿瘤发生中发挥积极作用)和乘客基因(在肿瘤样本中突变，但在肿瘤发生中没有作用)，并纳入了两阶段研究设计。基因集方法实现了一种面向患者的方法，该方法为每个样本计算基因集得分，然后将它们跨样本组合;还提供了一种使用Wilcoxon检验的基因导向方法进行比较。

作者:Giovanni Parmigiani, Simina M. Boca

维护者:Simina M. Boca

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CancerMutationAnalysis")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CancerMutationAnalysis”)

PDF	R脚本	CancerMutationAnalysisTutorial
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor公司	BioC 2.10 (R-2.15)(9年)
许可证	GPL(>= 2) +文件许可证
取决于	R (>= 2.10.0)，qvalue
进口	AnnotationDbi，limma，方法，统计
链接
建议	KEGG.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CancerMutationAnalysis_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	CancerMutationAnalysis_1.32.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	CancerMutationAnalysis_1.32.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CancerMutationAnalysis
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CancerMutationAnalysis
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CancerMutationAnalysis/
软件包下载报告	下载数据