ChIPSeqSpike

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPSeqSpike

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPSeqSpike．

ChIP-Seq数据缩放根据spike-in控制

Bioconductor版本:3.12

染色质免疫沉淀随后测序(ChIP-Seq)用于确定任何感兴趣的蛋白质的结合位点，如转录因子或组蛋白与或不具有特定的修饰，在基因组规模上。该协议的许多步骤可能会引入偏差，使ChIP-Seq更偏向定性而不是定量。例如，传统的下游数据归一化技术无法捕捉到整体组蛋白修饰的差异。一个案例研究报告了Ezh2抑制剂治疗组蛋白H3赖氨酸-27三甲基(H3K27me3)没有差异。为了解决这个问题，使用外部峰值控制来跟踪条件之间的技术偏差。在实验过程中插入来自不同非密切相关物种的外源DNA，以推断能够精确归一化的缩放因子，从而揭示抑制剂效应。ChIPSeqSpike提供了用于ChIP-Seq插入规范化的工具。准备使用缩放bigwig文件和缩放因子值获得作为输出。ChIPSeqSpike还通过一个通用的图形函数集合提供了用于ChIP-Seq插入评估和分析的工具。

作者:Nicolas Descostes

维护者:Nicolas Descostes

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ChIPSeqSpike")

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文档

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browseVignettes(“ChIPSeqSpike”)

PDF	R脚本	ChIPSeqSpike
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，HistoneModification，ImmunoOncology，归一化，测序，软件，转录
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，rtracklayer(> = 1.37.6)
进口	工具,stringr，Rsamtools，GenomicRanges，IRanges，seqplots，ggplot2，迷幻药，corrplot，方法，统计，grDevices，图形，utils，BiocGenerics，S4Vectors
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPSeqSpike_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPSeqSpike_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPSeqSpike_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPSeqSpike
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPSeqSpike
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPSeqSpike/
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