DEComplexDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEComplexDisease

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DEComplexDisease．

基于双聚类分析的复杂疾病的差异表达分析和DEGs研究工具

Bioconductor版本:3.12

该方法旨在寻找具有异质性基因组表达谱的复杂疾病的差异表达基因(DEGs)。与已有的DEG分析工具不同，它不假定复杂疾病的患者共享共同的DEG。通过应用双聚类算法，DECD找到由尽可能多的患者共享的deg。通过这种方式，DECD以一种新颖的句法描述了复杂疾病的DEGs，如由200个基因组成的基因表在30%的研究复杂疾病中存在差异表达。利用DECD分析结果，用户可以根据共享的签名找到受相同机制影响的患者。

作者:国峰孟

维护人员:郭峰孟

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“DEComplexDisease”)

PDF		DEComplexDisease: DE分析的R包
超文本标记语言	R脚本	DEComplexDisease: DE分析的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DNASeq，DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneExpression，软件，WholeGenome
版本	1.10.0
在Bioconductor公司	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3.3)
进口	Rcpp(> = 0.12.7),DESeq2，刨边机，SummarizedExperiment，ComplexHeatmap，网格，平行，BiocParallel， grDevices，图形，统计，方法，工具
链接	Rcpp
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DEComplexDisease_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	DEComplexDisease_1.10.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DEComplexDisease_1.10.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DEComplexDisease
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/DEComplexDisease
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEComplexDisease/
软件包下载报告	下载数据