dep

doi：10.18129/b9.bioc.dep

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅dep。

蛋白质组学数据的差异富集分析

生物导体版本：3.12

该软件包提供了一个集成的分析工作流程，可用于质谱蛋白质组学数据的鲁棒和可再现分析，以用于差异蛋白表达或差异富集。它需要通过定量分析生成的原始质谱数据（例如Maxquant或isobarquant）生成的表格输入（例如TXT文件）。提供了用于数据制备，过滤，方差归一化和缺失值的插补的功能，以及差异富集 /表达蛋白的统计测试。它还包括检查工作流程中的中间步骤的工具，例如归一化和缺失值推出。最后，提供可视化工具来探索结果，包括热图，火山图和小号表示。对于在R中经验有限的科学家来说，该软件包还包含包装功能，这些功能需要完整的分析工作流程并生成报告。包装提供的交互式闪亮应用程序更容易使用。

作者：Arne Smits [CRE，AUT]，Wolfgang Huber [AUT]

维护者：arne smits

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ dep”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ dep”）

html	R脚本	DEP：介绍
html	R脚本	DEP：缺少价值处理
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	datarepresentation，，，，差异性，，，，免疫学，，，，质谱，，，，蛋白质组学，，，，软件
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.5）
进口	GGPLOT2，，，，dplyr，，，，purrr，，，，readr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，总结性特征（> = 1.11.5），MSNBase，，，，林玛，，，，VSN，，，，fdrtool，，，，Ggrepel，，，，复杂的图像，，，，rcolorbrewer，，，，循环，，，，闪亮的，，，，发光的dashboard，，，，DT，，，，rmarkDown，，，，断言，，，，栅格，网格，统计，IMPUTELCMD，，，，簇
链接
建议	测试，，，，富集，，，，尼特，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我	Proda，，，，rforpoteomics
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dep_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	dep_1.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	dep_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dep
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dep
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dep/
软件包下载报告	下载统计