DESeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq

这个包裹是弃用．它可能会从Bioconductor中移除。详情请参阅一揽子生命结束指南更多信息。

此包适用于Bioconductor的3.12版本。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见DESeq(参见replacement DESeq2)。

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:3.12

估计高通量测序计数数据的方差-均值相关性，并基于使用负二项分布的模型检验差异表达

作者:Simon Anders，海德堡EMBL < fs.tum.de>的sanders

维护者:Simon Anders

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，圣人，测序，软件
版本	1.42.0
在Bioconductor公司	BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase(> = 2.21.7),locfit，晶格
进口	genefilter，geneplotter、方法、质量，RColorBrewer
链接
建议	pasilla(> = 0.2.10),vsn，gplots
SystemRequirements
增强了
URL	http://www-huber.embl.de/users/anders/DESeq
全靠我	DBChIP，埃达，metaseqR，Polyfit，SeqGSEA，tRanslatome
进口我	APAlyzer，ArrayExpressHTS，DEsubs，easyRNASeq，埃达，rnaSeqMap，scGPS，火神
建议我	BitSeq，dexus，肘，IHWpaper，适当的，SSPA，ToPASeq，XBSeq
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DESeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DESeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DESeq/
软件包下载报告	下载数据