DEWSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEWSeq

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DEWSeq．

基于负二项分布的微分表达式窗口

Bioconductor版本:3.12

DEWSeq是一种滑动窗口方法，用于分析差异富集的结合区eCLIP或iCLIP下一代测序数据。

作者:Sudeep Sahadevan [aut]， Thomas Schwarzl [aut]， Hentze生物信息学团队[aut, cre]

维护者:生物信息学团队Hentze

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“DEWSeq”)

超文本标记语言	R脚本	用DEWSeq分析eCLIP/iCLIP数据
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneRegulation，测序，软件
版本	1.4.4
在Bioconductor公司	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.0.0)，R.utils，DESeq2，BiocParallel
进口	BiocGenerics，data.table(> = 1.11.8),GenomeInfoDb，GenomicRanges、方法、S4Vectors，SummarizedExperiment，统计，效用
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，IHW
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/
BugReports	https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DEWSeq_1.4.4.tar.gz
Windows二进制	DEWSeq_1.4.4.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DEWSeq_1.4.4.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DEWSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEWSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEWSeq/
软件包下载报告	下载数据