dmrcate

doi：10.18129/b9.bioc.dmrcate

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅dmrcate。

甲基化阵列和测序空间分析方法

生物导体版本：3.12

使用整个基因组亚硫酸盐测序（WGB）和Illumina Infinium阵列（450K和EPIC）数据，从人类基因组中差异甲基化区域（DMR）的从头鉴定和提取。提供了可能被SNP和跨杂交混淆的过滤探针的功能。包括Granges生成和绘图功能。

作者：蒂姆·彼得斯

维护者：蒂姆·彼得斯（Tim Peters）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ dmrcate”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ dmrcate”）

PDF	R脚本	DMRCATE软件包用户指南
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，DNAMETHYLATY，，，，DataImport，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，表观遗传学，，，，基因表达，，，，遗传学，，，，基因数，，，，甲基化array，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件，，，，时间科，，，，两通道，，，，全媒体
版本	2.4.1
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（7年）
执照	文件执照
要看	r（> = 3.6.0），Minfi，，，，总结性特征
进口	实验室，，，，BSSEQ，，，，GenomeInfodB，，，，林玛，，，，EDGER，，，，DSS，，，，甲基小姐，，，，基因组机，方法，图形，plyr，，，，GVIZ，，，，iranges，统计，utils，S4VECTORS
链接
建议	尼特，，，，运行，，，，生物基因，，，，Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ILM10B4.HG19
系统要求
增强
URL
取决于我	冠军，，，，甲基化arrayAnalysy
进口我
建议我	甲基小姐
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dmrcate_2.4.1.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	dmrcate_2.4.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrcate
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dmrcate
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dmrcate/
软件包下载报告	下载统计