ExCluster

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExCluster

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ExCluster．

ExCluster可以检测两种条件下RNA-seq数据之间差异表达的外显子，每种条件至少需要两次独立的生物重复

Bioconductor版本:3.12

ExCluster将Ensembl和GENCODE GTF文件平展为GFF文件，用于计算BAM文件中每个不重叠的外显子bin的读取次数。这个读取计数是使用来自包Rsubread的函数featurets完成的。文库大小在所有生物重复中归一化，然后ExCluster比较两种不同的条件以检测显着差异剪接的基因。这个过程需要每个条件至少两个独立的生物复制，而ExCluster一次只接受两个条件。ExCluster最终产生每个基因的错误发现率(fdr)，用于检测显著性。外显子log2折叠变化(log2FC)的均值和方差可以绘制每个显着差异剪接的基因，这有助于科学家建立假设和目标差异剪接事件在湿实验室RT-qPCR验证。

作者:R. Matthew Tanner, William L. Stanford, Theodore J. Perkins

维护人员:R. Matthew Tanner

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ExCluster")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“ExCluster”)

PDF	R脚本	ExCluster装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialSplicing，ImmunoOncology，RNASeq，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor中	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	Rsubread，GenomicRanges，rtracklayer，matrixStats，IRanges
进口	stats, methods, grDevices, graphics, utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	ExCluster_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	ExCluster_1.8.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ExCluster
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ExCluster
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ExCluster/
软件包下载报告	下载数据