Fourcseq

doi：10.18129/b9.bioc.fourcseq

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

此软件包适用于生物导体的3.12版。该软件包已从生物导体中删除。有关最后一个稳定的最新版本版本，请参阅Fourcseq。

包装分析4C测序数据

生物导体版本：3.12

FourcSeq是一个用于分析（多路复用）4C测序数据的R软件包。该软件包提供了一条管道，以检测DNA元素之间的特定相互作用，并确定条件之间的差异相互作用。R中的统计分析从每个样本作为输入的单个BAM文件开始。为了获取这些文件，该软件包包含一个Python脚本（Extdata/Python/demultiplex.py），以将其用于删除插图库和修剪引物序列。使用标准对齐软件，可以生成所需的BAM文件。

作者：Felix A. Klein [AUT]，Mike Smith [CRE]

维护者：迈克·史密斯（Mike Smith）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ fourcseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Fourcseq”）

PDF	R脚本	Fourcseq
PDF		参考手册

细节

生物浏览	预处理，，，，测序，，，，软件
版本	1.24.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（6。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	r（> = 3.0），花键，LSD，，，，deseq2（> = 1.9.11），GGPLOT2
进口	生物酶，，，，生物弦，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，rsamtools，，，，GGBIO，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，，，，FDA，，，，基因组签名，，，，gtools，，，，矩阵， 方法
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Fourcseq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	fourcseq_1.24.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Fourcseq_1.24.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fourcseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/fourcseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/fourcseq/
软件包下载报告	下载统计