FunChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.FunChIP

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见FunChIP

基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和对齐

Bioconductor版本:3.12

ChIP-Seq峰的预处理和平滑以及k-mean对齐算法的高效实现。

作者:Alice Parodi [aut, cre], Marco Morelli [aut, cre], Laura M. Sangalli [aut], Piercesare Secchi [aut], Simone Vantini [aut]

维护者:Alice Parodi

引用(从R中,输入引用(“FunChIP”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("FunChIP")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“FunChIP”)

PDF R脚本 FunChIP的介绍
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq聚类软件StatisticalMethod
版本 1.16.0
在Bioconductor公司 BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.2),GenomicRanges
进口 闪亮的食品及药物管理局doParallelGenomicAlignmentsRcpp、方法、foreach平行,GenomeInfoDbRsamtools, grDevices,图形,统计,RColorBrewer
链接 Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 FunChIP_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 FunChIP_1.16.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra) FunChIP_1.16.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/FunChIP
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FunChIP
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/FunChIP/
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