GEOmetadb

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOmetadb

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GEOmetadb．

NCBI GEO元数据汇编

Bioconductor版本:3.12

NCBI基因表达综合数据库(GEO)是最大的微阵列数据公共存储库。然而，使用当前的工具查找感兴趣的数据可能具有挑战性。GEOmetadb试图使访问与样本、平台和数据集相关的元数据变得更加可行。这是通过将所有NCBI GEO元数据解析为可以在本地存储和查询的SQLite数据库来实现的。GEOmetadb只是SQLite数据库及其相关文档的一个薄包装。最后，当新数据添加到GEO时，SQLite数据库会定期更新，并且可以随意下载最新的元数据。GEOmetadb论文:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/24/23/2798。

作者:Jack Zhu和Sean Davis

维护者:Jack Zhu

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOmetadb")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“GEOmetadb”)

超文本标记语言	R脚本	GEOmetadb
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施，软件
版本	1.52.0
在Bioconductor中	BioC 2.2 (R-2.7)(13岁)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GEOquery，RSQLite
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，dplyr，tm，wordcloud
SystemRequirements
增强了
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/geo/
这取决于我
进口我	奥纳西斯
建议我	antiProfilesData
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	GEOmetadb_1.52.0.tar.gz
Windows二进制	GEOmetadb_1.52.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GEOmetadb_1.52.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GEOmetadb
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/GEOmetadb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GEOmetadb/
软件包下载报告	下载数据