哥特

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOTHiC

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见哥特。

二项检验用于Hi-C数据分析

Bioconductor版本:3.12

这是一个Hi-C分析包，使用累积二项检验来检测远端基因组位点之间的相互作用，这些位点在Hi-C实验中具有比预期的更多的读数。它将配对的NGS序列作为输入，并给出基因组中给定bin大小的重要相互作用列表。

作者:Borbala Mifsud和Robert Sugar

维护者:Borbala Mifsud

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GOTHiC")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“哥特”)

PDF	R脚本	package_vignettes.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	表观遗传学，嗝，ImmunoOncology，预处理，测序，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor中	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，Biostrings，BSgenome，data.table
进口	BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.38),IRanges，Rsamtools，ShortRead，rtracklayer，ggplot2，BiocManager， grDevices, utils, stats，GenomeInfoDb
链接
建议	HiCDataLymphoblast
SystemRequirements
增强了	平行
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	GOTHiC_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	GOTHiC_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GOTHiC_1.26.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GOTHiC
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/GOTHiC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GOTHiC/
软件包下载报告	下载数据