GSEABase

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABase

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GSEABase

基因集富集数据结构与方法

Bioconductor版本:3.12

这个包提供了支持基因集富集分析(GSEA)的类和方法。

作者:马丁·摩根,赛斯·法尔肯,罗伯特·绅士

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“GSEABase”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GSEABase")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GSEABase”)

PDF R脚本 GSEABase简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneSetEnrichmentGraphAndNetworkKEGG软件
版本 1.52.1
在Bioconductor BioC 2.1 (R-2.6)(13.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase(> = 2.17.8),注释(>= 1.45.3),方法(> = 1.37.2)
进口 AnnotationDbiXML
链接
建议 hgu95av2.dbGO.dborg.Hs.eg.dbRgraphvizReportingToolstestthatBiocStyleknitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 AGDEXBicARECCPROMISEcpvSNPGSVAdatanpGSEA承诺splineTimeRTissueEnrich
进口我 AUCellBioCor癌症类别categoryComparecellHTS2EnrichmentBrowser逃避gep2pepGISPAGlobalAncovaGmicRGSRIGSVAMIGSAmiRSMmogsaopparPCphenophenoTest帖子承诺RcisTargetReportingToolsscTGIFsignatureSearchsingleCellTKsingscoreSingscoreAMLMutations激流回旋TFutils
建议我 BiocCaseStudiesBiocSetglobaltestGOstatsGSARGSEAlm桅杆PGSEAphenoTestTFEA。芯片
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 GSEABase_1.52.1.tar.gz
Windows二进制 GSEABase_1.52.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) GSEABase_1.52.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GSEABase
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/GSEABase/
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