此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GSEABase.
Bioconductor版本:3.12
这个包提供了支持基因集富集分析(GSEA)的类和方法。
作者:马丁·摩根,赛斯·法尔肯,罗伯特·绅士
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“GSEABase”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GSEABase")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GSEABase”)
R脚本 | GSEABase简介 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,软件 |
版本 | 1.52.1 |
在Bioconductor | BioC 2.1 (R-2.6)(13.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase(> = 2.17.8),注释(>= 1.45.3),方法图(> = 1.37.2) |
进口 | AnnotationDbi,XML |
链接 | |
建议 | hgu95av2.db,GO.db,org.Hs.eg.db,Rgraphviz,ReportingTools,testthat,BiocStyle,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | AGDEX,BicARE,CCPROMISE,cpvSNP,GSVAdata,npGSEA,承诺,splineTimeR,TissueEnrich |
进口我 | AUCell,BioCor,癌症,类别,categoryCompare,cellHTS2,EnrichmentBrowser,逃避,gep2pep,GISPA,GlobalAncova,GmicR,GSRI,GSVA,MIGSA,miRSM,mogsa,oppar,PCpheno,phenoTest,帖子,承诺,RcisTarget,ReportingTools,scTGIF,signatureSearch,singleCellTK,singscore,SingscoreAMLMutations,激流回旋,TFutils |
建议我 | BiocCaseStudies,BiocSet,计,globaltest,GOstats,GSAR,GSEAlm,桅杆,PGSEA,phenoTest,TFEA。芯片 |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | GSEABase_1.52.1.tar.gz |
Windows二进制 | GSEABase_1.52.1.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | GSEABase_1.52.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GSEABase |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GSEABase/ |
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