GUIDEseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.GUIDEseq

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GUIDEseq。

GUIDE-seq分析管道

Bioconductor版本:3.12

该包实现了GUIDE-seq分析工作流程，包括获取唯一插入位点(裂解位点的代理)的功能，估计插入位点的位置，也就是峰值，合并从正链和负链估计的插入位点，并执行插入位点周围扩展区域的脱靶搜索。

作者:朱丽华，Michael Lawrence, Ankit Gupta, Hervé Pagès, Alper Kucukural, Manuel Garber, scott A. Wolfe

维护者:朱莉朱丽华<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GUIDEseq")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GUIDEseq”)

PDF	R脚本	GUIDEseq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,GeneRegulation,ImmunoOncology,测序,软件,WorkflowStep
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.2.0),GenomicRanges,BiocGenerics
进口	BiocParallel,Biostrings,CRISPRseek,ChIPpeakAnno,data.table,matrixStats,BSgenome平行,IRanges(> = 2.5.5),S4Vectors(> = 0.9.6),GenomicAlignments(> = 1.7.3),GenomeInfoDb,Rsamtools,哈希,limma,dplyr
链接
建议	knitr,RUnit,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	crisprseekplus
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GUIDEseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	GUIDEseq_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GUIDEseq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GUIDEseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GUIDEseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GUIDEseq/
包下载报告	下载数据