GWASTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GWASTools

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GWASTools．

全基因组关联研究的工具

Bioconductor版本:3.12

用于存储非常大的GWAS数据集和注释的类，以及用于GWAS数据清理和分析的函数。

作者:Stephanie M. Gogarten, Cathy Laurie, Tushar Bhangale, Matthew P. Conomos, Cecelia Laurie, Michael Lawrence, Caitlin McHugh, Ian Painter, Xiuwen Zheng, Jess Shen, Rohit Swarnkar, Adrienne Stilp, Sarah Nelson, David Levine

维护者:Stephanie M. Gogarten

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GWASTools”)

PDF	R脚本	gwastool中的数据格式
PDF	R脚本	GWAS数据清理
PDF	R脚本	准备Affymetrix数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，微阵列，质量控制，单核苷酸多态性，软件
版本	1.36.0
在Bioconductor公司	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase
进口	图形，统计，工具，方法，gdsfmt，DBI，RSQLite，GWASExactHW，DNAcopy，生存，三明治，航空航天，logistf，quantsmooth，data.table
链接
建议	ncdf4，GWASdata，BiocGenerics，RUnit，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，SNPRelate，snpStats，S4Vectors，VariantAnnotation、并行
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/smgogarten/GWASTools
全靠我	GWASdata，mBPCR
进口我	《创世纪》，gwasurvivr
建议我	podkat
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GWASTools_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	GWASTools_1.36.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GWASTools_1.36.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GWASTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GWASTools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GWASTools/
软件包下载报告	下载数据