GenomicFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicFeatures

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicFeatures

方便导入和查询基因模型

Bioconductor版本:3.12

一组用于制作和操作以文本为中心的注释的工具和方法。有了这些工具,用户可以从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(未来将支持更多来源)轻松下载给定生物体的转录本、外显子和cd的基因组位置。然后,这些信息被存储在一个本地数据库中,该数据库跟踪转录本、外显子、cd和基因之间的关系。提供了灵活的方法以方便的格式提取所需的特征。

作者:M. Carlson, H. Pagès, P. Aboyoun, S. Falcon, M. Morgan, D. Sarkar, M. Lawrence, V. Obenchain

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“GenomicFeatures”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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PDF R脚本 制作和使用TxDb对象
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释遗传学GenomeAnnotation基础设施测序软件
版本 1.42.3
在Bioconductor BioC 2.5 (R-2.10)(11.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.29),IRanges(> = 2.13.23),GenomeInfoDb(> = 1.25.7),GenomicRanges(> = 1.31.17),AnnotationDbi(> = 1.41.4)
进口 方法,utils,统计,工具,DBIRSQLite(> = 2.0),RCurlXVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),rtracklayer(> = 1.39.7),biomaRt(> = 2.17.1),Biobase(> = 2.15.1)
链接
建议 RMariaDBorg.Mm.eg.dborg.Hs.eg.dbBSgenomeBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce11BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.dbFDb.UCSC.tRNAsTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGeneTxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene(> = 3.4.7),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscriptsTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene(> = 3.4.6),SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38RsamtoolspasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments(> = 1.15.7),ensembldbRUnitBiocStyleknitr
SystemRequirements
增强了
URL //www.andersvercelli.com/packages/GenomicFeatures
BugReports https://github.com/Bioconductor/GenomicFeatures/issues
全靠我 cpvSNPensembldbFDb.FANTOM4.promoters.hg19FDb.InfiniumMethylation.hg18FDb.InfiniumMethylation.hg19FDb.UCSC.snp135common.hg19FDb.UCSC.snp137common.hg19FDb.UCSC.tRNAsgeneregulationGSReg吉他HelloRangesHomo.sapiensimaInPASivaMus.musculusmygeneOrganismDbi先驱者RareVariantVisRattus.norvegicusRNAprobRSplicingGraphsTxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau8.refGeneTxDb.Btaurus.UCSC.bosTau9.refGeneTxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGeneTxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGeneTxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGeneTxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.refGeneTxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGeneTxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGeneTxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGeneTxDb.Drerio.UCSC.danRer11.refGeneTxDb.Ggallus.UCSC.galGal4.refGeneTxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGeneTxDb.Ggallus.UCSC.galGal6.refGeneTxDb.Hsapiens.BioMart.igisTxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscriptsTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneTxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac10.refGeneTxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac3.refGeneTxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac8.refGeneTxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGeneTxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGeneTxDb.Mmusculus.UCSC.mm39.refGeneTxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGeneTxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro4.refGeneTxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro5.refGeneTxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro6.refGeneTxDb.Rnorvegicus.BioMart.igisTxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGeneTxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGeneTxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.ncbiRefSeqTxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGeneTxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGeneTxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGeneTxDb.Sscrofa.UCSC.susScr11.refGeneTxDb.Sscrofa.UCSC.susScr3.refGene
进口我 AllelicImbalance高山AnnotationHubDataannotatrAPAlyzerappreci8RASpediaFIASplibambuBgeeCallBiocOncoTKbiovizBasebumphunterBUSpaRseCAGEfightR卡斯珀ChIPpeakAnnoChIPQCChIPseekercompEpiToolsCompGOconsensusDEcrisprseekpluscsawCSSQcustomProDBdasperdecompTumor2SigDegNormderfinderderfinderPlotDMRcatedataEDASeqeisaR埃尔默EpiTxDbepivizrDataepivizrStandaloneesATACEventPointerexomePeak2FDb.FANTOM4.promoters.hg19FDb.InfiniumMethylation.hg18FDb.InfiniumMethylation.hg19FDb.UCSC.snp135common.hg19FDb.UCSC.snp137common.hg19FDb.UCSC.tRNAs弗雷泽GA4GHshinygenbankrgeneAttributiongeneLenDataBaseGenomicStateGenVisRggbiogmapRgmovizgQTLstatsGvizgwascat希尔达Homo.sapiensHTSeqGenieicetea检查感兴趣karyoploteR光民mCSEAmetagenemetaseqR2methyAnalysismsgbsRmulticrisprMus.musculusmusicatkNoRCEORFikOrganism.dplyrPGA高伦雅芙proBAMrprofileplyrPureCNqpgraphQuasRRattus.norvegicus美国广播公司rCGH收回Rhisat2RiboProfilingribosomeProfilingQCRNAmodRscRNAseq颈背SGSeqSplicingGraphs分裂srnadiffsystemPipeRTAPseqTCGAutilsTFEA。芯片trackViewertranscriptRTxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25TxDb.Hsapiens.BioMart.igisTxDb.Rnorvegicus.BioMart.igistximetaUlarcircUMI4CatsVariantAnnotationVariantFilteringVariantToolswavClusteR
建议我 AnnotationHub强盗biomvRCNSBiostringsBSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau8BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau9BSgenome.Celegans.UCSC.ce10BSgenome.Celegans.UCSC.ce11BSgenome.Celegans.UCSC.ce2BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6CAGEWorkflowchipseqchromPlotCrispRVariants腰带curatedAdipoChIPDEXSeqGenomeInfoDbGenomicAlignmentsGenomicRangesgroHMMHDF5ArrayIRanges海市蜃楼MutationalPatterns网页排名parathyroidSE重新计票RNAmodR。毫升RsamtoolsrtracklayerShortReadSingle.mTEC.TranscriptomesSummarizedExperimentTFutils三硝基甲苯VplotRwiggleplotr
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遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 GenomicFeatures_1.42.3.tar.gz
Windows二进制 GenomicFeatures_1.42.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra) GenomicFeatures_1.42.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFeatures
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicFeatures
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/GenomicFeatures/
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