此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicFiles.
Bioconductor版本:3.12
这个包为“按文件”或“按范围”分发的并行计算提供基础设施。用户定义的MAPPER和REDUCER功能为数据组合和操作提供了额外的灵活性。
作者:生物导体包装维护员[aut, cre], Valerie Obenchain [aut], Michael Love [aut], Lori Shepherd [aut], Martin Morgan [aut]
维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者
引用(从R中,输入引用(“GenomicFiles”)
):
要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome icfiles ")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“GenomicFiles”)
R脚本 | 介绍GenomicFiles | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
视频 | 从BAM文件读取—第2部分 |
biocViews | 报道,DataImport,遗传学,基础设施,测序,软件 |
版本 | 1.26.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.14 (R-3.1)(7年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.1.0),方法,BiocGenerics(> = 0.11.2),MatrixGenerics,GenomicRanges(> = 1.31.16),SummarizedExperiment,BiocParallel(> = 1.1.0版),Rsamtools(> = 1.17.29),rtracklayer(> = 1.25.3) |
进口 | GenomicAlignments(> = 1.7.7),IRanges,S4Vectors(> = 0.9.25),VariantAnnotation(> = 1.27.9),GenomeInfoDb |
链接 | |
建议 | BiocStyle,RUnit,genefilter,deepSNV,snpStats,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,Biostrings,Homo.sapiens |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | erma |
进口我 | CAGEfightR,contiBAIT,derfinder,gQTLBase,gQTLstats,ldblock,QuasR,Rqc,VCFArray,yriMulti |
建议我 | TFutils,TxRegInfra |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | GenomicFiles_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | GenomicFiles_1.26.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | GenomicFiles_1.26.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFiles |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicFiles |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GenomicFiles/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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