GenomicOZone

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicOZone

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicOZone．

描绘差异基因活性的突出基因组区

Bioconductor版本:3.12

该包沿着染色体将基因活性聚集成区域，检测出突出的不同区域，并在整个基因组中可视化突出区域的地图。它能够表征自适应基因组邻域内对多个基因的影响，这些影响可能来自基因组重组、结构变异或表观基因组改变。它保证了聚类优化、线性运行时间到样本大小和可重复性。人们可以将其应用于全基因组活性测量，如拷贝数、转录组、蛋白质组和甲基化数据。

作者:钟华[aut]，宋明洲[aut, cre]

维护:Mingzhou Song

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("基因组臭氧")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicOZone”)

超文本标记语言	R脚本	GenomicOZone
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，BiomedicalInformatics，CellBiology，聚类，CopyNumberVariation，报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneRegulation，遗传学，GenomicVariation，RNASeq，回归，测序，软件，StructuralVariation，SystemsBiology，转录，转录组，可视化
版本	1.4.1
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (>= 4.0.0)，Ckmeans.1d.dp安装(> = 4.3.0),GenomicRanges，biomaRt，ggplot2
进口	grDevices, stats, utils，plyr，gridExtra，光敏电阻平行,ggbio，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，Rdpack
链接
建议	readxl，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicOZone_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	GenomicOZone_1.4.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicOZone_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicOZone
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicOZone
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicOZone/
软件包下载报告	下载数据