此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicRanges.
Bioconductor版本:3.12
在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时,高效表示和操作基因组注释和对齐的能力发挥着核心作用。genomic icranges包定义了通用容器,用于存储和操作基因组间隔和基因组沿线定义的变量。更专门的容器分别定义在genomic icalignments和summarizeexperiment包中,用于表示和操作针对参考基因组的短对齐,或类似矩阵的实验摘要。这两个软件包都建立在基因组基因库基础设施之上。
作者:P.阿卜扬,H. Pagès, M.劳伦斯
维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者
引用(从R中,输入引用(“GenomicRanges”)
):
要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome icranges ")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“GenomicRanges”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.基因组系列软件包简介 |
R脚本 | 2.GenomicRanges howto | |
R脚本 | 3.GRanges和GRangesList对象的快速介绍(幻灯片) | |
R脚本 | 4.你不知道的十件事(幻灯片来自2016年BioC) | |
R脚本 | 5.延长GenomicRanges | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | GenomicRanges_1.42.0.tar.gz |
Windows二进制 | GenomicRanges_1.42.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | GenomicRanges_1.42.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicRanges |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicRanges |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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