GenomicsCores

doi：10.18129/b9.bioc.genomicscores

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅GenomicsCores。

基础架构与全基因组特定位置分数合作

生物导体版本：3.12

提供基础架构，以存储和访问R和生物导体内的全基因组位置特异性分数。

作者：Robert Castelo [AUT，CRE]，Pau Puigdevall [CTB]，PabloRodríguez[CTB]

维护者：Robert Castelo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ GenomicsCores”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ GenomicsCores”）

html	R脚本	GenomicsCores软件包的简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，覆盖范围，，，，遗传学，，，，基础设施，，，，测序，，，，软件
版本	2.2.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（4年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.5），S4VECTORS（> = 0.7.21），基因组机， 方法，生物基因（> = 0.13.8）
进口	统计，utils，XML，，，，生物酶，，，，生物管理器，，，，Biocfilecache，，，，iranges（> = 2.3.23），生物弦，，，，GenomeInfodB，，，，AnnotationHub，，，，RHDF5，，，，延迟，，，，HDF5Array
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，变体，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，Gwascat，，，，rcolorbrewer，，，，闪亮的，，，，有光泽的人，，，，Shinyjs，，，，Shinycustomloader，，，，Data.Table，，，，DT
系统要求
增强
URL	https://github.com/rcastelo/genomicscores
BugReports	https://github.com/rcastelo/genomicscores/issues
取决于我	FitCons.UCSC.HG19，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.grch38，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.grch38，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.grch38，，，，mafdb.exac.r1.0.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38，，，，mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5，，，，mafdb.gnomad.r2.1.grch38，，，，mafdb.gnomad.r2.1.hs37d5，，，，mafdb.gnomad.r3.0.grch38，，，，mafdb.gnomadex.r2.1.grch38，，，，mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5，，，，mafdb.topmed.freeze5.hg19，，，，mafdb.topmed.freeze5.hg38，，，，mafh5.gnomad.r3.0.grch38，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，phastcons100way.ucsc.hg38，，，，phastcons30way.ucsc.hg38，，，，phastcons7way.ucsc.hg38
进口我	感谢，，，，atacseqqc，，，，Primirtss，，，，Rarevariantvis，，，，变体滤波器
建议我	Methrix
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	GenomicsCores_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	genomicscores_2.2.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	GenomicsCores_2.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicscores
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/genomicscores
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/genomicscores/
软件包下载报告	下载统计