GVIZ

doi:10.18129/b9.bioc.gviz

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅GVIZ

沿基因组坐标绘制数据和注释信息

生物导体版本:3.12

基因组数据分析需要对已知基因组信息和新实验数据的整合可视化。GVIZ使用BiomArt和rtracklayer软件包来执行实时注释查询以ement和UCSC,并将其转换为例如。网格图形包的视口中的基因/转录结构。这导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者:Florian Hahne [Aut],Steffen Durinck [AUT],Robert Ivanek [Aut,CRE],Arne Mueller [aut],Steve Lianoglou [aut],Ge Tan [aut],Lance Parsons [aut],Shraddha Pai [aut],Thomas McCarthy [CTB],Felix Ernst [CTB]

维护者:Robert Ivanek

引用(从r内,输入引用(“ Gviz”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gviz”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Gviz”)

html R脚本 GVIZ用户指南
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 微阵列,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.34.1
在生物导体中 Bioc 2.10(R-2.15)(9年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 4.0),方法,S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges(> = 1.99.18),基因组机(> = 1.17.20),网格
进口 xvector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),格子,,,,rcolorbrewer,,,,Biomart(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),生物酶(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),Ensembldb(> = 2.11.3),BSGENOME(> = 1.33.1),生物弦(> = 2.33.11),Biovizbase(> = 1.13.8),rsamtools(> = 1.17.28),LatticeExtra(> = 0.6-26),矩阵(> = 0.8.14),基因组签名(> = 1.1.16),GenomeInfodB(> = 1.1.3),生物基因(> = 0.11.3),消化(> = 0.6.8),图形,grdevices,stats,utils
链接
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试
系统要求
增强
URL https://github.com/ivanek/gviz
BugReports https://github.com/ivanek/gviz/issues
取决于我 Biomvrcns,,,,Chimeraviz,,,,西塞罗,,,,彗星,,,,腹带,,,,dmrforpairs,,,,甲基化arrayAnalysy,,,,PVIZ,,,,rnaseqgene
进口我 等位基因平衡,,,,阿尔卑斯山,,,,Aspediafi,,,,阿斯普利,,,,Cagefightr,,,,dmrcate,,,,dmrcatedata,,,,埃尔默,,,,GenStructurotootools,,,,基因组间,,,,ggtools,,,,inpas,,,,马瑟,,,,MCSEA,,,,一顿饭,,,,甲基分析,,,,甲基管,,,,Motifbreakr,,,,pi,,,,ping,,,,Primirtss,,,,proactiv,,,,Regutools,,,,rnamodr,,,,rnamodr.alkanilineseq,,,,rnamodr.ribomethseq,,,,碎片,,,,Srnadiff,,,,斯坦,,,,TrackViewer,,,,TVTB,,,,发现,,,,变体滤波器
建议我 Annmap,,,,CageWorkFlow,,,,蜂窝监测器,,,,chipseqdb,,,,CNER,,,,cnvranger,,,,csawusersguide,,,,深布鲁尔,,,,Ensembldb,,,,基因组机,,,,Gwascat,,,,InteractiveSplay,,,,Interminer,,,,PQSFINDER,,,,,,,,rnbeads,,,,single.mtec.transcriptomes,,,,剪接图,,,,tfutils,,,,txreginfra
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gviz_1.34.1.tar.gz
Windows二进制 gviz_1.34.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) gviz_1.34.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gviz
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/gviz
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/gviz/
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