MADSEQ

DOI:10.18129 / B9.bioc.MADSEQ

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MADSEQ．

基于海量并行测序数据的镶嵌非整倍体检测与量化

Bioconductor版本:3.12

MADSEQ包提供了一组层次Bayeisan模型，用于检测镶嵌非整倍体，推断非整倍体的类型，也用于定量样本中非整倍体细胞的比例。

作者:孔宇，亚当·奥顿，约翰·默里·格雷利

维护者:Yu Kong < Yu。在phd.einstein.yu.edu>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MADSEQ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MADSEQ”)

超文本标记语言	R脚本	R包MADSEQ
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，CopyNumberVariation，报道，GenomicVariation，测序，软件，SomaticMutation，VariantDetection
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.4)，rjags(> = 4 - 6)
进口	VGAM，coda，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，S4Vectors、方法、preprocessCore，GenomicAlignments，Rsamtools，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，VariantAnnotation，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，rtracklayer，图形，统计，grDevices, utils，zlibbioc，vcfR
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ykong2/MADSEQ
BugReports	https://github.com/ykong2/MADSEQ/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MADSEQ_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	MADSEQ_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MADSEQ_1.16.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/MADSEQ
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MADSEQ
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MADSEQ/
软件包下载报告	下载数据