MMAPPR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMAPPR2

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MMAPPR2．

聚合RNA-Seq突变映射分析管道

Bioconductor版本:3.12

MMAPPR2映射从正向遗传筛选的F2交叉中汇集的RNA-seq数据产生的突变。它的前身在《基因组研究》(Genome Research, Hill et al. 2013)上发表的一篇论文中有描述。MMAPPR2接受对齐的BAM文件以及参考基因组作为输入，识别对照RNA序列和突变RNA序列之间高序列差异的位点，使用Ensembl's variant Effect Predictor预测变异效应，并输出候选突变的排序列表。

作者:Kyle Johnsen [aut]， Nathaniel Jenkins [aut]， Jonathon Hill [cre]

维护者:Jonathon Hill

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MMAPPR2")

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文档

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browseVignettes(“MMAPPR2”)

超文本标记语言	R脚本	MMAPPR2简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNASeq，PooledScreens，RNASeq，软件，VariantDetection
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	ensemblVEP(> = 1.20.0),gmapR，Rsamtools，VariantAnnotation，BiocParallel，Biobase，BiocGenerics，dplyr，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，tidyr，VariantTools，magrittr，方法，grDevices，图形，统计，utils，stringr，data.table
链接
建议	testthat，嘲笑，roxygen2，knitr，rmarkdown，BiocStyle，MMAPPR2data
SystemRequirements	Ensembl副总裁，Samtools
增强了
URL	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3613585/https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2
BugReports	https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MMAPPR2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	MMAPPR2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMAPPR2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MMAPPR2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MMAPPR2/
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