MPRAnalyze

DOI:10.18129 / B9.bioc.MPRAnalyze

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MPRAnalyze．

MPRA数据的统计分析

Bioconductor版本:3.12

MPRAnalyze提供了用于分析大规模并行报告分析(MPRAs)生成的数据的统计框架，用于直接测量增强子活性。MPRAnalyze可用于增强子活性的量化、活性增强子的分类以及不同条件下增强子活性的比较分析。MPRAnalyze构建了一对嵌套的广义线性模型(GLMs)来关联DNA和RNA的观察结果，易于调整到各种实验设计和条件，并提供了一套严格的统计测试方案。

作者:Tal Ashuach [aut, cre]， David S Fischer [aut]， Nir Yosef [ctb]， Fabian J Theis [ctb]，

维护者:Tal Ashuach

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MPRAnalyze”)

超文本标记语言	R脚本	使用MPRAnalyze分析MPRA数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，软件，StatisticalMethod
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	BiocParallel、方法、进步统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YosefLab/MPRAnalyze
BugReports	https://github.com/YosefLab/MPRAnalyze
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MPRAnalyze_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	MPRAnalyze_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MPRAnalyze_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MPRAnalyze
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MPRAnalyze
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MPRAnalyze/
软件包下载报告	下载数据