MatrixRider

DOI:10.18129 / B9.bioc.MatrixRider

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MatrixRider．

获得给定序列上结合位点矩阵的总亲和度和占有率

Bioconductor版本:3.12

计算反映DNA结合蛋白与其相互作用倾向的整个序列的单个数字。DNA结合蛋白必须用PFM基质来描述，例如从Jaspar获得的。

作者:埃琳娜格拉希

维护者:Elena Grassi < Grassi。在gmail.com e >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MatrixRider”)

PDF	R脚本	总亲和度和占有率
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，遗传学，MotifAnnotation，软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.1.2)
进口	方法,TFBSTools，IRanges，XVector，Biostrings
链接	IRanges，XVector，Biostrings，S4Vectors
建议	RUnit，BiocGenerics，BiocStyle，JASPAR2014
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MatrixRider_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	MatrixRider_1.22.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	MatrixRider_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MatrixRider
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MatrixRider
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MatrixRider/
包下载报告	下载数据