MesKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.MesKit

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MesKit．

一个通过体细胞改变从多区域衍生肿瘤活检中解剖癌症进化的工具包

Bioconductor版本:3.12

MesKit基于多区域测序(MRS)生成的突变数据，提供常用的分析和可视化模块。该软件包允许描述突变谱，测量同一患者肿瘤内部或肿瘤之间的异质性，跟踪进化动态，以及在不同水平上描述突变模式。针对基于gui的分析需求，开发了闪亮的应用程序。MesKit是一种方便的工具，可以在MRS研究中解释肿瘤的异质性和理解区域间的进化关系。

作者:刘梦妮[aut, cre]，陈建宇[aut, ctb]，王鑫[aut, ctb]

维护:Mengni Liu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MesKit")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MesKit”)

超文本标记语言	R脚本	分析和可视化多区域全外显子组测序数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	软件
版本	1.0.1
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	方法,data.table，Biostrings，dplyr，tidyr(> = 1.0.0),猿(> = 5.4.1之前),ggrepel，pracma，ggridges，AnnotationDbi，IRanges，circlize，cowplot，mclust，phangorn，ComplexHeatmap1.9.3 (> =)ggplot2，RColorBrewer， grDevices, stats, utils，S4Vectors
链接
建议	闪亮的，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.4.0),org.Hs.eg.db，clusterProfiler，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MesKit_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	MesKit_1.0.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MesKit_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MesKit
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MesKit
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MesKit/
软件包下载报告	下载数据