MethCP

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethCP

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MethCP．

亚硫酸氢盐测序数据的差异甲基化分析

Bioconductor版本:3.12

MethCP是一种用于全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)数据的差异甲基化区(DMR)检测方法，适用于两组比较之外的广泛的实验设计，如时间过程数据。MethCP基于变化点检测识别DMRs，自然分割基因组并提供区域级别的差异分析。

作者:龚博英

维护者:Boying Gong

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MethCP”)

超文本标记语言	R脚本	methcp:用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialMethylation，测序，软件，TimeCourse，WholeGenome
版本	1.4.0
在Bioconductor公司	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	方法，utils, stats，S4Vectors，bsseq，DSS，methylKit，DNAcopy，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，BiocParallel
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/boyinggong/methcp/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MethCP_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	MethCP_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MethCP_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/MethCP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethCP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MethCP/
软件包下载报告	下载数据