Modstrings

DOI:10.18129 / B9.bioc.Modstrings

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Modstrings．

研究修改过的核苷酸序列

Bioconductor版本:3.12

表示核苷酸序列中的核苷酸修饰通常是通过来自多个来源的特殊字符来完成的。这在R和Biostrings包中是一个挑战。Modstrings包为包含修改过的核苷酸的RNA和DNA序列实现了这一功能，方法是在内部翻译字符，以便与Biostrings包的基础结构一起工作。为此，实现了ModRNAString和ModDNAString类、派生和函数来构造和修改这些对象，尽管存在编码问题。此外，还实现了从序列到列表(如位置信息)的转换(以及反向操作)。

作者:Felix G.M. Ernst [aut, cre]，丹尼斯·拉方丹[ctb, fft]

维护人员:Felix G.M. Ernst < Felix .gm。恩斯特在outlook.com>上说

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Modstrings")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Modstrings”)

超文本标记语言	R脚本	Modstrings
超文本标记语言	R脚本	Modstrings-DNA-alphabet
超文本标记语言	R脚本	Modstrings-RNA-alphabet
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，基础设施，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)，Biostrings(> = 2.51.5)
进口	方法,BiocGenerics，GenomicRanges，S4Vectors，IRanges，XVector，stringi，stringr，蜡笔, grDevices
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，usethis
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/FelixErnst/Modstrings/issues
全靠我	EpiTxDb，RNAmodR，tRNAdbImport
进口我	tRNA
建议我	EpiTxDb.Hs.hg38
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Modstrings_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	Modstrings_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Modstrings_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Modstrings
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Modstrings
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Modstrings/
软件包下载报告	下载数据