NADfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.NADfinder

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见NADfinder．

对测序数据调用宽峰值

Bioconductor版本:3.12

核仁是真核细胞细胞核内的一个重要结构。它是将rDNA转录成rRNA和组装核糖体(又名核糖体生物发生)的位点。此外，核仁是众多蛋白质穿梭和接触特定非rdna基因组位点的动态枢纽。与分离核仁相关的DNA (NAD- seq)的深度测序分析表明，特定的位点，称为核仁相关结构域(NADs)，与核仁形成频繁的三维联系。NAD-seq用于研究胚胎干细胞(ESC)分化过程中NAD的生物学功能和分布动态。在这里，我们开发了一个Bioconductor包NADfinder用于nadq数据的生物信息分析，包括基线校正、平滑、归一化、峰值调用和注释。

作者:欧建宏，刘海波，于军，Hervé Pagès，保罗·考夫曼，朱丽华

维护者:Jianhong Ou < Jianhong。ou at duke.edu>，李华Julie Zhu < Julie。朱:umassmed.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("NADfinder")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“NADfinder”)

超文本标记语言	R脚本	NADfinder.html
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNASeq，GeneRegulation，PeakDetection，测序，软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment
进口	图形、方法基线，信号，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，rtracklayer，limma，trackViewer,统计,跑龙套,Rsamtools，metap，EmpiricalBrownsMethod，ATACseqQC，corrplot，csaw
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，testthat，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	NADfinder_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	NADfinder_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	NADfinder_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NADfinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NADfinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NADfinder/
包下载报告	下载数据