NarrowPeaks

DOI:10.18129 / B9.bioc.NarrowPeaks

这个包裹是弃用．它可能会从Bioconductor中移除。详情请参阅一揽子生命结束指南更多信息。

此包适用于Bioconductor的3.12版本。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见NarrowPeaks．

基于形状的芯片序列变异函数PCA分析

Bioconductor版本:3.12

该软件包将主成分分析(FPCA)的功能版本应用于:(1)通过在一组读丰富的区域(ChIP-seq峰值)上应用FPCA，以摆动轨迹格式的后处理数据，通常由通用ChIP-seq峰值调用者产生。这样做是为了研究峰值的可变性，或缩短它们的基因组位置，占浓缩评分剖面中给定的变异比例。(2)分析重复的多个ChIP-seq样本之间的差异变化。函数'narrowpeaksDiff'量化了形状之间的差异，并使用Hotelling's T2检验对函数主成分评分来识别不同条件下的显著差异。Mateos, Madrigal, et al.(2015)基因组生物学:16:31描述了该软件包在拟南芥数据集中的应用。

作者:Pedro Madrigal <生物信息学。gmail.com>的工程师，Pawel Krajewski

维护者:Pedro Madrigal <生物信息学。gmail.com>的工程师

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("NarrowPeaks")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，遗传学，测序，软件，转录，可视化
版本	1.34.0
在Bioconductor公司	BioC 2.10 (R-2.15)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，样条曲线
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，食品及药物管理局，CSAR，ICSNP
链接
建议	rtracklayer，BiocStyle，GenomicRanges，CSAR
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/NarrowPeaks
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NarrowPeaks
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NarrowPeaks/
软件包下载报告	下载数据