PathoStat

DOI:10.18129 / B9.bioc.PathoStat

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见PathoStat．

统计微生物组分析软件包

Bioconductor版本:3.12

该软件包的目的是对测序数据样本的宏基因组结果进行统计微生物组分析。特别是，它支持对PathoScope生成的报告文件进行分析。PathoStat提供各种功能，包括相对丰度图、多样性估计和图、差异丰度测试、时间序列可视化和核心OTU分析。

作者:Solaiappan Manimaran ， Matthew Bendall < Bendall at gwmail.gwu.edu>， Sandro Valenzuela Diaz ， Eduardo Castro ， Tyler Faits ， Yue Zhao ， Anthony Nicholas Federico ， W. Evan Johnson

维护者:Solaiappan Manimaran ， Yue Zhao

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PathoStat")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“PathoStat”)

超文本标记语言	R脚本	PathoStat介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork，ImmunoOncology，宏基因组，微阵列，微生物组，PatternLogic，PrincipalComponent，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5)
进口	limma，corpcor，matrixStats，reshape2，尺度，ggplot2，rentrez，DT，tidyr，plyr，dplyr，phyloseq，闪亮的，统计数据，方法，XML，图形，工具，BiocStyle，刨边机，DESeq2，ComplexHeatmap，情节，webshot，素食主义者，shinyjs，glmnet，gmodels，ROCR，RColorBrewer，knitr，devtools，猿
链接
建议	rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mani2012/PathoStat
BugReports	https://github.com/mani2012/PathoStat/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	PathoStat_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	PathoStat_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	PathoStat_1.16.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/PathoStat
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PathoStat
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PathoStat/
软件包下载报告	下载数据