QDNASEQ

doi：10.18129/b9.bioc.qdnaseq

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅QDNASEQ。

定量DNA测序染色体畸变

生物导体版本：3.12

定量DNA测序进行染色体畸变。基因组分为非重叠的固定尺寸垃圾箱，每个计数中的序列读数数量，并用同时进行二维斗牛士校正来调整序列可遵循性和GC含量，并过滤以去除基因组中的虚假区域。分割和调用的下游步骤分别通过包裹和CGHCALL实现。

作者：Ilari Scheinin [aut]，Daoud Sie [AUT，CRE]，Henrik Bengtsson [AUT]，Erik Van Dijk [CTB]

维护者：daoud sie

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ qdnaseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ qdnaseq”）

PDF	R脚本	QDNASEQ简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	库务，，，，dnaseq，，，，遗传学，，，，基因数，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件
版本	1.26.0
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（7年）
执照	GPL
要看	R（> = 3.1.0）
进口	图形，方法，统计，utils，生物酶（> = 2.18.0），CGHBASE（> = 1.18.0），CGHCALL（> = 2.18.0），DNACOPIGY（> = 1.32.0），基因组机（> = 1.20），iranges（> = 2.2），矩阵（> = 0.54.0），r.utils（> = 2.9.0），rsamtools（> = 1.20），未来（> = 1.14.0），未来（> = 1.3.0）
链接
建议	生物使用（> = 1.8.0），BSGENOME（> = 1.38.0），消化（> = 0.6.20），GenomeInfodB（> = 1.6.0），R.Cache（> = 0.13.0），qdnaseq.hg19，，，，qdnaseq.mm10
系统要求
增强
URL	https://github.com/ccagc/qdnaseq
BugReports	https://github.com/ccagc/qdnaseq/issues
取决于我	吉恩·布雷克（Genebreak），，，，qdnaseq.hg19，，，，qdnaseq.mm10
进口我	高手，，，，饼干，，，，Hiccompare
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	qdnaseq_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	qdnaseq_1.26.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	qdnaseq_1.26.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qdnaseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/qdnaseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/qdnaseq/
软件包下载报告	下载统计