RJMCMCNucleosomes

DOI:10.18129 / B9.bioc.RJMCMCNucleosomes

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RJMCMCNucleosomes．

具有高通量短读数据的全基因组核小体定位贝叶斯层次模型(MNase-Seq)

Bioconductor版本:3.12

该包使用信息性多-狄利克雷先验t混合进行核小体定位，并对核小体位置进行可逆跳跃估计，用于全基因组分析。

作者:Pascal Belleau [aut]， Rawane Samb [aut]， Astrid Deschênes [cre, aut]， Khader Khadraoui [aut]， Lajmi Lakhal-Chaieb [aut]， Arnaud Droit [aut]

维护者:Astrid Deschênes

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RJMCMCNucleosomes”)

超文本标记语言	R脚本	核小体定位
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，BiologicalQuestion，ChIPSeq，报道，NucleosomePositioning，测序，软件，StatisticalMethod
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)，IRanges，GenomicRanges
进口	Rcpp(> = 0.12.5),consensusSeekeR，BiocGenerics，GenomeInfoDb，S4Vectors(> = 0.23.10),BiocParallel，统计，图形，方法，grDevices
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，nucleoSim，RUnit
SystemRequirements	Rcpp
增强了
URL	https://github.com/ArnaudDroitLab/RJMCMCNucleosomes
BugReports	https://github.com/ArnaudDroitLab/RJMCMCNucleosomes/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	RJMCMCNucleosomes_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	RJMCMCNucleosomes_1.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	RJMCMCNucleosomes_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RJMCMCNucleosomes
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RJMCMCNucleosomes
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RJMCMCNucleosomes/
软件包下载报告	下载数据