RNAmodR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNAmodR

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RNAmodR．

高通量测序数据中转录后修饰的检测

Bioconductor版本:3.12

RNAmodR提供了从高通量测序中加载/聚合数据的类和工作流程，旨在通过分析特定模式来检测转录后修饰。此外，还提供了实用程序来验证和可视化结果。RNAmodR包提供了一个核心功能，特定的分析策略可以作为一个单独的包轻松实现。

作者:Felix G.M. Ernst [aut, re]，丹尼斯·l·j·拉方丹[cn]

维护者:Felix G.M. Ernst < Felix .gm. gm。恩斯特在outlook.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RNAmodR")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“RNAmodR”)

超文本标记语言	R脚本	RNAmodR
超文本标记语言	R脚本	RNAmodR——为新的检测策略创建新的类
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文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，测序，软件，可视化，WorkflowStep
版本	1.4.2
在Bioconductor中	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomicRanges，Modstrings
进口	methods, stats, grDevices，matrixStats，BiocGenerics，Biostrings(> = 2.57.2),BiocParallel，GenomicFeatures，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，rtracklayer，Rsamtools，BSgenome，RColorBrewer，colorRamps，ggplot2，Gviz(> = 1.31.0),reshape2、图形、ROCR
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，RNAmodR。数据
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/FelixErnst/RNAmodR
BugReports	https://github.com/FelixErnst/RNAmodR/issues
这取决于我	RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	RNAmodR_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	RNAmodR_1.4.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RNAmodR_1.4.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/RNAmodR
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/RNAmodR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RNAmodR/
软件包下载报告	下载数据