RTNsurvival

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTNsurvival

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RTNsurvival．

利用RTN包推断的转录网络进行生存分析

Bioconductor版本:3.12

RTNsurvival是一个将RTN包生成的规则与生存信息集成的工具。对于给定的规则，双尾GSEA方法为每个个体样本计算差异富集分数(dES)，然后使用所有样本的dES分布来评估队列的生存统计数据。有两个主要的生存分析工作流程:Cox比例风险方法用于建模规则作为生存时间的预测因素，以及Kaplan-Meier分析评估基于规则活动的队列分层。所有地块都可以根据用户的规格进行微调。

作者:克拉丽斯·s·格罗内维尔德，维尼修斯·s·查加斯，莫罗·a·a·卡斯特罗

维护者:Clarice Groeneveld ，毛罗A. A.卡斯特罗<毛罗。卡斯特罗在gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RTNsurvival”)

超文本标记语言	R脚本	RTNsurvival:利用转录网络和规则进行多变量生存分析。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，NetworkEnrichment，NetworkInference，软件，生存
版本	1.14.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.3),研制(> = 2.14.1),RTNduals(> = 1.14.1)方法
进口	生存，RColorBrewer， grDevices，图形，统计，效用，尺度，data.table，蛋，ggplot2，pheatmap，dunn.test
链接
建议	Fletcher2013b，knitr，rmarkdown，BiocStyle，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RTNsurvival_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	RTNsurvival_1.14.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RTNsurvival_1.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTNsurvival
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RTNsurvival
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RTNsurvival/
包下载报告	下载数据