Rariant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rariant

此包适用于Bioconductor 3.12版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见Rariant。

通过非共识基调用频率的变化鉴定和评估单核苷酸变异

Bioconductor版本:3.12

“Rariant”包根据匹配样本之间二项分布不匹配率的差异从测序数据中识别单核苷酸变体。

作者:朱利安·格林，西蒙·安德斯，贝恩德·克劳斯

维护者:Julian Gehring

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rariant”)

超文本标记语言	R脚本	Rariant
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation，测序，软件，SomaticMutation，StatisticalMethod，VariantDetection，可视化
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.0.2)，GenomicRanges，VariantAnnotation
进口	方法,BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，ggbio，ggplot2，exomeCopy，SomaticSignatures，Rsamtools，闪亮的，VGAM，dplyr，reshape2
链接
建议	h5vcData，testthat，knitr，optparse，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/juliangehring/Rariant
BugReports	https://support.bioconductor.org
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rariant_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	Rariant_1.25.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Rariant_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rariant
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rariant
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rariant/
软件包下载报告	下载数据