Reactomepa

doi:10.18129/b9.bioc.reaeactomepa

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Reactomepa

Reactome途径分析

生物导体版本:3.12

该软件包为基于Reactome Pathway数据库的途径分析提供了功能。它实现了富集分析,基因集富集分析和可视化的几种函数。

作者:广琴Yu [AUT,CRE],Vladislav Petyuk [CTB]

维护者:gmail.com> guangchuang yu

引用(从r内,输入引用(“ reactomepa”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rectionomepa”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ ReactOmePa”)

html R脚本 R反应途径分析的R包装
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,基因烯,,,,多重组合,,,,途径,,,,Reactome,,,,软件,,,,可视化
版本 1.34.0
在生物导体中 Bioc 2.10(R-2.15)(9年)
执照 GPL-2
要看 R(> = 3.4.0)
进口 AnnotationDbi,,,,剂量(> = 3.5.1),富集,,,,GGPLOT2,,,,ggraph,,,,Reactome.db,,,,Igraph,,,,石墨
链接
建议 生物使用,,,,clusterProfiler,,,,尼特,,,,org.hs.eg.db,,,,Prettydoc,,,,测试
系统要求
增强
URL https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports https://github.com/guangchuangyu/reactomepa/issues
取决于我 Maendtoend
进口我 生物加工者,,,,Epihet,,,,,,,,mirsponger,,,,sctensor
建议我 Chipseeker,,,,Cindex,,,,clusterProfiler,,,,可乐,,,,SCGPS
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 reactomepa_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 reactomepa_1.34.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) reactomepa_1.34.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/reactomepa
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/reactomepa
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/reactomepa/
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