该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Reactomepa。
生物导体版本:3.12
该软件包为基于Reactome Pathway数据库的途径分析提供了功能。它实现了富集分析,基因集富集分析和可视化的几种函数。
作者:广琴Yu [AUT,CRE],Vladislav Petyuk [CTB]
维护者:gmail.com> guangchuang yu
引用(从r内,输入引用(“ reactomepa”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rectionomepa”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ ReactOmePa”)
html | R脚本 | R反应途径分析的R包装 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 注解,,,,基因烯,,,,多重组合,,,,途径,,,,Reactome,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 1.34.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.10(R-2.15)(9年) |
执照 | GPL-2 |
要看 | R(> = 3.4.0) |
进口 | AnnotationDbi,,,,剂量(> = 3.5.1),富集,,,,GGPLOT2,,,,ggraph,,,,Reactome.db,,,,Igraph,,,,石墨 |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,clusterProfiler,,,,尼特,,,,org.hs.eg.db,,,,Prettydoc,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/ |
BugReports | https://github.com/guangchuangyu/reactomepa/issues |
取决于我 | Maendtoend |
进口我 | 生物加工者,,,,Epihet,,,,林,,,,mirsponger,,,,sctensor |
建议我 | Chipseeker,,,,Cindex,,,,clusterProfiler,,,,可乐,,,,SCGPS |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | reactomepa_1.34.0.tar.gz |
Windows二进制 | reactomepa_1.34.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | reactomepa_1.34.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/reactomepa |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/reactomepa |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/reactomepa/ |
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