rsubread

doi：10.18129/b9.bioc.rsubread

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅rsubread。

测序数据的映射，量化和变体分析

生物导体版本：3.12

RNA测序数据（包括大量RNA-SEQ和SCRNA-SEQ）和DNA序列数据（包括ATAC-SEQ，CHIP-SEQ，WGS，WES等）的对齐，定量和分析。包括用于读取映射，读取计数，SNP调用，结构变异检测和基因融合发现的功能。可以应用于所有主要的测序技术，以及短顺序读取。

作者：Wei Shi，Yang Liao和Gordon K Smyth，珍妮Dai的贡献

维护者：wei shi ，yang liao 和gordon k smyth

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rsubread”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rsubread”）

PDF	R脚本	rsubread vignette
PDF		subreaduserguide.pdf
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，chipseq，，，，基因表达，，，，GeneFusionDetection，，，，结肠管制，，，，遗传因素，，，，遗传学，，，，基因数，，，，免疫学，，，，indeldetection，，，，乘以quessequealignment，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，SNP，，，，测序，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，变体，，，，变体挖出
版本	2.4.3
在生物导体中	Bioc 2.8（R-2.13）（10年）
执照	GPL（> = 3）
要看
进口	grdevices，统计，utils，矩阵
链接
建议
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/packages/rsubread
取决于我	DEBLUSTER，，，，samexplorer
进口我	apalyzer，，，，杜普拉达尔，，，，弗雷泽，，，，RibosomeProfilingQC，，，，颈背
建议我	冰茶，，，，scpipe，，，，Singlecelltk，，，，tidybulk
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rsubread_2.4.3.3.tar.gz
Windows二进制	rsubread_2.4.3.3.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	rsubread_2.4.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsubread
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rsubread
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rsubread/
软件包下载报告	下载统计