seqsqc

doi：10.18129/b9.bioc.seqsqc

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅seqsqc。

一个用于样品质量检查的生物导体包装，并使用下一代测序数据

生物导体版本：3.12

SEQSQC旨在识别NGS数据中的有问题的样本，包括性别不匹配，污染，隐性相关性和人群异常的样本。

作者：刘Qian [AUT，CRE]

维护者：Qian liu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ seqsqc”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ seqsqc”）

html	R脚本	使用SEQSQC样品质量检查下一代测序数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	实验数据，，，，基因组，，，，homo_sapiens_data，，，，project1000基因组，，，，测序数据，，，，软件
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.4），实验室（> = 1.3.7），Snprelate（> = 1.10.2）
进口	E1071，，，，基因组机，，，，GDSFMT，，，，GGPLOT2，，，，ggally，，，，iranges， 方法，rbokeh，，，，rcolorbrewer，，，，RESHAPE2，，，，rmarkDown，，，，S4VECTORS，统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/liubuntu/seqsqc
BugReports	https://github.com/liubuntu/seqsqc/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	seqsqc_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	seqsqc_1.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	seqsqc_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqsqc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/seqsqc
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/seqsqc/
软件包下载报告	下载统计