SigsPack

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigsPack

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SigsPack．

单样本的突变特征估计

Bioconductor版本:3.12

暴露于突变特征的单样本估计。基于二次规划算法，估计单个样本对已知突变特征的暴露。引导输入突变目录提供了对这些暴露的稳定性的估计。通过对目录进行归一化，可以考虑突变上下文序列组成的影响。

作者:Franziska Schumann < Franziska。舒曼在student.hpi.de>

维护者:Franziska Schumann < Franziska。舒曼在student.hpi.de>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager" BiocManager::install("SigsPack")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SigsPack”)

超文本标记语言	R脚本	SigsPack简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，DNASeq，单核苷酸多态性，软件，SomaticMutation，VariantAnnotation
版本	1.4.0
在Bioconductor公司	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	quadprog(>= 1.5-5)，方法Biobase，BSgenome(> = 1.46.0),VariantAnnotation(> = 1.24.5),Biostrings，GenomeInfoDb，GenomicRanges，rtracklayer，SummarizedExperiment，图形，统计，效用
链接
建议	IRanges，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bihealth/SigsPack
BugReports	https://github.com/bihealth/SigsPack/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SigsPack_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	SigsPack_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SigsPack_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SigsPack
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SigsPack
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SigsPack/
软件包下载报告	下载数据