SpidermiR

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpidermiR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SpidermiR．

SpidermiR:用于miRNA数据综合网络分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:3.12

SpidermiR的目标是:i)促进GeneMania数据的网络开放访问数据检索，ii)使用适当的基因命名法准备数据，iii) miRNA数据在特定网络中的集成，iv)提供不同的标准分析，v)允许用户可视化结果。更详细地说，该软件包提供了多种方法用于查询，准备和下载网络数据(GeneMania)，以及与验证和预测的miRNA数据(mirWalk, miRTarBase, miRandola, Miranda, PicTar和TargetScan)的集成。此外，我们还使用DGIdb和MATADOR数据库获得的基因-药物相互作用，提出了一个统计检验来识别药物-mir关系。

作者:Claudia Cava, Antonio Colaprico, Alex Graudenzi, Gloria Bertoli, Tiago C. Silva, Catharina Olsen, Houtan Noushmehr, Gianluca Bontempi, Giancarlo maui, Isabella Castiglioni

维护者:Claudia Cava < Claudia。卡瓦在ibfm.cnr.it>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SpidermiR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SpidermiR”)

超文本标记语言	R脚本	使用SpidermiR包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，网络，软件，microrna的
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.0.0)
进口	httr，igraph， utils，统计，miRNAtap，miRNAtap.db，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，ggplot2，gridExtra，gplotsgrDevices,晶格，latticeExtra，visNetwork，TCGAbiolinks，gdata，MAGeCKFlute，networkD3
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，devtools，roxygen2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/claudiacava/SpidermiR
BugReports	https://github.com/claudiacava/SpidermiR/issues
全靠我
进口我	StarBioTrek
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SpidermiR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	SpidermiR_1.19.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SpidermiR_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpidermiR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SpidermiR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SpidermiR/
软件包下载报告	下载数据