剪接图

doi：10.18129/b9.bioc.splicinggraphs

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅剪接图。

创建，操纵，可视化剪接图并分配RNA-Seq读取给它们

生物导体版本：3.12

该软件包允许用户根据给定生物体的基因模型创建，操纵和可视化剪接图及其气泡。此外，它允许用户将RNA-Seq读取为一组剪接图的边缘，并以不同的方式进行汇总。

作者：D。Bindreither，M。Carlson，M。Morgan，H。Pagès

维护者：h.pagès

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ SplicingGraphs”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“剪接图”）

PDF	R脚本	剪接图和RNA-seq数据
PDF		参考手册

细节

生物浏览	替代方案，，，，注解，，，，datarepresentation，，，，基因表达，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，可视化
版本	1.30.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（8年）
执照	艺术2.0
要看	GenomicFeatures（> = 1.17.13），基因组签名（> = 1.1.22），rgraphviz（> = 2.3.7）
进口	方法，utils，图形，Igraph，，，，生物基因，，，，S4VECTORS（> = 0.17.5），生物比较，，，，iranges（> = 2.21.2），GenomeInfodB，，，，基因组机（> = 1.23.21），GenomicFeatures，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，图形，，，，rgraphviz
链接
建议	Igraph，，，，GVIZ，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，运行
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/packages/splicinggraphs
BugReports	https://github.com/bioconductor/splicinggraphs/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	SplicingGraphs_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	SplicingGraphs_1.29.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	SplicingGraphs_1.30.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/splicinggraphs
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/剪接图
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/splicinggraphs/
软件包下载报告	下载统计