移行细胞癌

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCC

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见移行细胞癌．

TCC:标签计数数据的差分表达式分析与稳健归一化策略

Bioconductor版本:3.12

该包提供了一系列函数，用于使用健壮的归一化策略(称为DEGES)从RNA-seq计数数据执行差异表达分析。DEGES的基本思想是在数据归一化之前去除比较样本中的潜在差异表达基因或转录本(deg)，以获得一个排名良好的基因列表，其中真实的deg排名最高，非deg排名最低。这可以通过执行多步归一化策略(称为DEGES，即DEG消除策略)来完成。TCC的一个主要特点是通过使用依赖包中的函数组合，为几种计数数据(有或没有重复的两组、多组/多因子等)提供了鲁棒的归一化方法。

作者:孙建强，西山友明，清水健太郎，Kadota浩司

维护者:孙建强<悟空at bi.a.u-tokyo.ac.jp>，西山友明

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("TCC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“太极拳”)

PDF	R脚本	移行细胞癌
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.0)，方法，DESeq2，刨边机，baySeq，中华民国
进口
链接
建议	RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了	雪
URL
全靠我
进口我
建议我	compcodeR
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	TCC_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	TCC_1.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TCC_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TCC/
软件包下载报告	下载数据