TSRchitect

DOI:10.18129 / B9.bioc.TSRchitect

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见TSRchitect．

从大规模TSS分析数据中识别启动子

Bioconductor版本:3.12

近年来，大规模的转录序列数据使人们对真核生物基因表达和调控的本质有了相当深入的了解。识别信使rna 5'端的技术，最著名的是CAGE，已经在许多模型生物中绘制了启动子图谱。由于TSS分布的可变性和数据集中存在的转录噪声，从这些数据集中精确识别基因的活性启动子并不简单。tsarchitect允许用户从各种TSS分析数据类型中有效地识别假定的启动子(转录起始区，或TSR)，包括单端(如CAGE)和成对端(RAMPAGE, PEAT, STRIPE-seq)。此外，(1.3.0版本新增)tsarchitect提供了导入对齐EST和cDNA数据的能力。除了确定的TSRs坐标，tsarchitect还计算宽度、丰度和形状指数的两种形式，并处理生物复制的表达分析。最后，tsarchitect导入注释文件，允许用户将识别的启动子与基因和其他基因组特征关联起来。用户指南中提供了tsarchitect实用程序的三个详细示例，包含在这个包中。

作者:R. Taylor Raborn [aut, cre, cph] Volker P. Brendel [aut, cph] Krishnakumar Sridharan [ctb]

维护者:R. Taylor Raborn

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" tsarchitect ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“TSRchitect”)

PDF		TSRchitect用户指南
超文本标记语言		TSRchitect用户指南
超文本标记语言	R脚本	TSRchitect装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，GenomeAnnotation，测序，软件，转录
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5)
进口	AnnotationHub，BiocGenerics，BiocParallel，dplyr，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，GenomicRanges，gtools，IRanges、方法、readxl，Rsamtools(> = 1.14.3),rtracklayer，S4Vectors，SummarizedExperiment、工具、跑龙套
链接
建议	ENCODExplorer，ggplot2，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect
BugReports	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TSRchitect_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	TSRchitect_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TSRchitect_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TSRchitect
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TSRchitect
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TSRchitect/
包下载报告	下载数据