TVTB

DOI:10.18129 / B9.bioc.TVTB

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见TVTB．

TVTB: VCF工具箱

Bioconductor版本:3.12

该软件包提供了S4类和方法来过滤、总结和可视化存储在VCF文件中的遗传变异数据。特别地，这个包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义适用于VCF对象的各种槽位的过滤规则的新闻类。功能集成和演示在一个闪亮的web应用程序，闪亮变体浏览器(tSVE)。

作者:Kevin Rue-Albrecht

维护人员:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager" BiocManager::install("TVTB")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“TVTB”)

超文本标记语言	R脚本	介绍TVTB
超文本标记语言	R脚本	闪亮的变种探险者
超文本标记语言	R脚本	VCF过滤规则
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，DNASeq，DataImport，DataRepresentation，GUI，GeneticVariability，遗传学，GenomicVariation，MultipleComparison，SequenceMatching，测序，软件，VariantAnnotation，可视化，WholeGenome
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法，utils, stats
进口	AnnotationFilter，BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel，Biostrings，ensembldb，ensemblVEP，GenomeInfoDb，GenomicRanges，GGally，ggplot2，Gviz，limma，IRanges(> = 2.21.6),reshape2，Rsamtools，S4Vectors(> = 0.25.14),SummarizedExperiment，VariantAnnotation(> = 1.19.9)
链接
建议	EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer，BiocStyle(> = 2.5.19),knitr(> = 1.12),rmarkdown，testthat，covr，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/TVTB
BugReports	https://github.com/kevinrue/TVTB/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TVTB_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	TVTB_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TVTB
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TVTB/
包下载报告	下载数据