UMI4Cats

DOI:10.18129 / B9.bioc.UMI4Cats

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见UMI4Cats．

UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化

Bioconductor版本:3.12

UMI-4C是一种技术，可以对染色质与感兴趣诱饵的3D相互作用进行表征，利用超声步骤产生独特的分子标识符(UMIs)，有助于消除重复偏差，从而更好地比较条件之间的染色质相互作用。这个包允许处理ui - 4c数据，从排序工具提供的FastQ文件开始。它提供了两种检测差分触点的统计方法，并包括一个可视化功能，用于绘制来自UMI-4C分析的综合信息。

作者:Mireia Ramos-Rodriguez，马克·苏比拉纳-格兰斯[au]

维护者:Mireia Ramos-Rodriguez

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("UMI4Cats")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“UMI4Cats”)

超文本标记语言	R脚本	使用UMI4Cats分析ui - 4c数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，归一化，预处理，质量控制，测序，软件，可视化
版本	1.0.1
在Bioconductor公司	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment
进口	魔法，cowplot，尺度，GenomicRanges，ShortRead，动物园，ggplot2，reshape2，地区，IRanges，S4Vectors，magrittr，dplyr，BSgenome，Biostrings，DESeq2，R.utils，Rsamtools，stringr，Rbowtie2、方法、GenomeInfoDb，GenomicAlignments，RColorBrewer， utils, grDevices, stats，org.Hs.eg.db，注释，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，rlang，GenomicFeatures，BiocFileCache，rappdirs，食品及药物管理局
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，tidyr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats
BugReports	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	UMI4Cats_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	UMI4Cats_1.0.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	UMI4Cats_1.0.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/UMI4Cats
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/UMI4Cats
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/UMI4Cats/
软件包下载报告	下载数据