XBSEQ

doi：10.18129/b9.bioc.xbseq

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅XBSEQ。

测试RNA-seq数据的差分表达

生物导体版本：3.12

我们开发了一种新型算法XBSEQ，基于观察到的信号是真实表达信号和测序噪声的卷积的假设，建立了一个统计模型。在非例外区域中映射的读取被认为是测序噪声，遵循泊松分布。鉴于可测量的观察到来自RNA-seq数据的噪声信号，假设可以划定受负二项式分布控制的真实表达信号，从而可以描绘出差异表达基因的准确检测。

作者：Yuanhang Liu

维护者：yuanhang liu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ xbseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ xbseq”）

html	R脚本	使用XBSEQ软件包对计数数据的差分表达和APA使用分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，实验设计，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.22.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（5。5年）
执照	GPL（> = 3）
依靠	deseq2，r（> = 3.3）
进口	pracma，，，，矩阵，，，，Locfit，，，，GGPLOT2， 方法，生物酶，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，怒吼
链接
建议	尼特，，，，deseq，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/liuy12/xbseq
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	xbseq_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	XBSEQ_1.22.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	XBSEQ_1.22.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xbseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/xbseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/xbseq/
软件包下载报告	下载统计