annotatr

DOI:10.18129 / B9.bioc.annotatr

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见annotatr．

基因组区域到基因组注释的注释

Bioconductor版本:3.12

给定一组基因组位点/区域(例如ChIP-seq峰、cpg、差异甲基化cpg或区域、snp等)，研究交叉的基因组注释通常是有兴趣的。这些注释包括与基因模型(启动子、5’utr、外显子、内含子和3’utr)、CpG (CpG岛、CpG海岸、CpG架子)或调控序列(如增强子)有关的注释。annotatr包提供了一种用基因组注释总结和可视化基因组位点/区域交叉的简单方法。

作者:Raymond G. Cavalcante [aut, cre]， Maureen A. Sartor [ths]

维护者:Raymond G. Cavalcante

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("annotatr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“annotatr”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
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细节

biocViews	注释，FunctionalGenomics，GenomeAnnotation，软件，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，dplyr，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomeInfoDb(> = 1.10.3),ggplot2，IRanges、方法、readr，地区，reshape2，rtracklayer，S4Vectors(>= 0.23.10)， stats, utils
链接
建议	BiocStyle，devtools，knitr，org.Dm.eg.db，org.Gg.eg.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，rmarkdown，roxygen2，testthat，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene，TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://www.github.com/rcavalcante/annotatr/issues
全靠我
进口我	dmrseq，scmeth
建议我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	annotatr_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	annotatr_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	annotatr_1.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotatr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/annotatr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/annotatr/
软件包下载报告	下载数据