appreci8R

DOI:10.18129 / B9.bioc.appreci8R

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见appreci8R。

赏识8r:一个R/Bioconductor封装，用于滤波snv和短索引，具有高灵敏度和高PPV

Bioconductor版本:3.12

赏识8r是赏识8算法的一个R版本——精确变体调用集成工具的管道。我们的标准赏识8工具(GATK, Platypus, VarScan, FreeBayes, LoFreq, SNVer, samtools和VarDict)的变体调用结果，以及多达5个额外的工具进行组合，评估和过滤。

作者:莎拉·桑德曼

维护者:莎拉·桑德曼<莎拉。Sandmann在uni-muenster.de b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("赏识8r ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“appreci8R”)

PDF	R脚本	使用appreci8R
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	1.8.0
在Bioconductor中	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	闪亮的，shinyjs，DT，VariantAnnotation，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，Homo.sapiens，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，rsnps，Biostrings，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，COSMIC.67，rentrez，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，seqinr，openxlsx，Rsamtools，stringr， utils, stats，GenomicRanges，S4Vectors，GenomicFeatures，IRanges，GenomicScores，SummarizedExperiment
链接
建议	GO.db，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	appreci8R_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	appreci8R_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	appreci8R_1.8.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/appreci8R
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/赏识8r
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/appreci8R/
软件包下载报告	下载数据