artMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.artMS

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见artMS．

质谱分析工具

Bioconductor版本:3.12

artMS为蛋白质组学无标签数据集的分析提供了一套工具。它将MaxQuant搜索结果输出(evidence.txt文件)作为输入，并使用MSstats进行质量控制、相对量化、下游分析和整合。artMS还提供了一组功能来重新格式化，并使其与其他分析工具兼容，包括，SAINTq, SAINTexpress，磷酸盐和光子。具体内容请登录http://artms.org (http://artms.org)。

作者:David Jimenez-Morales[作家，作家]亚历山大·罗莎·坎波斯[美国]，约翰·冯·多伦[外]，内文·克洛根[外]，丹妮尔·斯瓦尼[au:]

维护者:David Jimenez-Morales

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("artMS")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“artMS”)

超文本标记语言	R脚本	学会使用artMS
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，BiomedicalInformatics，聚类，DifferentialExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，MassSpectrometry，MultipleComparison，归一化，蛋白质组学，质量控制，软件，SystemsBiology
版本	1.8.3
在Bioconductor中	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL(>= 3) +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	AnnotationDbi，biomaRt，bit64，circlize，集群，ComplexHeatmap，corrplot，data.table，dplyr，factoextra，FactoMineR，getopt，ggdendro，ggplot2，gplots，ggrepel，gProfileR、图形、grDevices、网格、limma，MSstats，openxlsx，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，PerformanceAnalytics，pheatmap，情节，plyr，RColorBrewer，尺度，seqinr统计数据,stringr，tidyr，UpSetR跑龙套,维恩图，yaml
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://artms.org
BugReports	https://github.com/biodavidjm/artMS/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	artMS_1.8.3.tar.gz
Windows二进制	artMS_1.8.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	artMS_1.8.3.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/artMS
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/artMS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/artMS/
软件包下载报告	下载数据